Фамилия Альмаганбетова — редкий пример, где основа и суффикс принадлежат разным культурным пластам. Корень — казахское мужское имя Альмаганбет, а окончание -ова — русский патронимический суффикс, указывающий на принадлежность к роду (жена или дочь Альмаганбета). Такая модель типична для фамилий, возникших в XIX–XX веках у народов Средней Азии и Казахстана при контакте с русской административной системой: исконное имя «обрусевало» через добавление суффикса, чтобы вписаться в имперский документооборот.

Само имя Альмаганбет составное. Первая часть — «альмаган» (от арабского «аль-маган» — «подарок», «дар»). Вторая — «бет» (персидское «бек» или тюркское «бий» — «господин», «князь», «правитель»). Буквально — «дар господина» или «подарок правителя». Подобные имена давали в знак благодарности высшим силам или в честь покровителя: родители как бы посвящали ребёнка «дару» от Бога или уважаемого человека.

Фамилия почти не встречается за пределами Казахстана и приграничных регионов России (Оренбургская, Астраханская области). Носители — потомки казахских родов, преимущественно из Младшего жуза, где имя Альмаганбет было распространено у скотоводов и кочевников. Встречаются варианты написания через «е» (Альмагенбетова) — это следствие нестабильной передачи арабской графики кириллицей в начале XX века.

В отличие от фамилий на -ов/-ев, образованных от русских имён (Иванов, Петров), здесь суффикс не меняет ударение: оно падает на предпоследний слог (Альмаганбе́това). Это фонетический маркер, по которому носители языка часто опознают неславянское происхождение фамилии. Других версий происхождения, кроме как от антропонима Альмаганбет, у ономастов нет — слишком прозрачная структура и однозначная этимология.