Фамилия Айнажарова по происхождению — тюркская, скорее всего казахская или башкирская. Её основа — мужское имя Айнажар, которое состоит из двух корней: «ай» (луна, месяц) и «нажар» (взгляд, зрение). Вместе имя можно перевести как «луноликий» или «светлый взором» — так в тюркской традиции называли человека с красивым, ясным лицом, реже — родившегося в новолуние или при лунном свете. Фамилия образована по типичной для русского языка модели: к основе Айнажар добавили суффикс -ов (в женском роде -ова), который закрепился при оформлении тюркских имён в документах Российской империи.

Слово «нажар» (назар) в тюркских языках означает не только взгляд, но и «внимание», «присмотр». В казахском и башкирском «айнажар» — это поэтическое прозвище, почти эпитет. Такие имена давали не случайно: они несли пожелание, чтобы ребёнок рос заметным, привлекательным, как луна в ночном небе. Встречается и вариант Айназаров — с другим суффиксом, но тот же корень.

Географически фамилия Айнажарова распространена в основном среди казахов, татар и башкир, особенно в Оренбургской, Челябинской областях и в Западном Казахстане. В дореволюционных метрических книгах и переписях её почти нет — она оформилась поздно, в советское время, когда тюркские родовые имена стали массово записывать в паспорта с русскими окончаниями. Поэтому сословную принадлежность предков (казаки, крестьяне, торговцы) установить сложно: фамилия не успела закрепиться в дворянских или купеческих списках.

Интересная деталь: в некоторых диалектах «айнажар» могло быть не именем, а прозвищем человека, который любил смотреть на луну или работать по ночам. Но основная версия — это всё же именная фамилия, образованная от личного имени-пожелания. Сравните с однокоренными Айнатулов, Айнабеков — все они построены на одном корне «ай» и указывают на связь с луной или светом.