Фамилия Айсена — редкая и необычная для русского уха. Её происхождение почти наверняка не связано со славянской традицией, а уходит корнями в тюркские или монгольские языки. Основа фамилии — слово «айсен», которое в ряде тюркских наречий означает «ясный», «светлый», «чистый» или буквально «лунный свет» (от «ай» — луна). В монгольских языках «айсэн» может переводиться как «красивый» или «пригожий».

Фамилия образована без привычных русских суффиксов -ов, -ин или -ский. Это указывает на то, что она, скорее всего, не прошла через процесс русификации и сохранила исходную форму. Такие фамилии часто встречаются у народов Северного Кавказа, Поволжья, Сибири или Центральной Азии. Например, у бурят, калмыков, якутов или алтайцев фамилии на -а, -ен, -ан — обычное дело. В тюркской среде «Айсена» могла быть прозвищем, данным человеку за светлый цвет лица, ясный взгляд или спокойный нрав.

Словообразовательная модель проста: к корню «айсен» добавлено окончание -а, которое в некоторых языках (например, в якутском или казахском) может указывать на принадлежность или женский род. Впрочем, как фамилия она закрепилась в мужском варианте. Встречается также вариант «Айсенов» — результат адаптации к русской фамильной системе, когда к основе прибавили суффикс -ов. Но форма без суффикса более архаична и характерна для кочевых культур, где фамилии долго не фиксировались документально.

Если искать аналогии, можно вспомнить фамилию Айсен — она встречается у якутов и калмыков. В якутском языке «айсен» — это «светлый, ясный», а у калмыков «айсн» — «лунный». Таким образом, предки носителя фамилии Айсена могли быть людьми, которых в роду прозвали за внешнюю или внутреннюю светлоту, либо же это было личное имя, превратившееся в фамилию.

Сословная принадлежность по фамилии не определяется — она не указывает на дворянство или крестьянство. Скорее всего, это фамилия из среды скотоводов, охотников или ремесленников, живших в азиатской части России. Встретить её можно в современных записях в Бурятии, Якутии, Калмыкии, а также среди татар и башкир.