Фамилия Айтушка — редкий случай в русском ономастиконе, и её происхождение почти наверняка ведёт не в славянскую, а в тюркскую языковую среду. Основа фамилии — личное имя или прозвище Айтуш, которое состоит из двух тюркских корней: «ай» (луна, месяц) и «туш» (сон, видение, иногда — друг, ровесник). В разных диалектах имя Айтуш могло означать «лунный сон» (поэтическое имя, данное ребёнку, рождённому в новолуние) или «лунный друг». Финал -ка в фамилии — это не суффикс принадлежности, а часть исходного имени: Айтушка — уменьшительно-ласкательная форма от Айтуш, распространённая в разговорной речи татар, башкир или казахов.

Суффикс -а (в форме Айтушка) типичен для русской адаптации тюркских имён: его добавляли, чтобы вписать имя в русскую грамматику, а затем фамилию закрепили в родительном падеже? Нет, здесь иной механизм. Фамилия Айтушка стоит в именительном падеже и не имеет привычных русских суффиксов -ов, -ин или -ский. Это так называемая «окаменевшая» форма имени, которая перешла в фамилию без изменений. В русской традиции такие фамилии встречаются редко, обычно у семей, которые долго жили в иноязычном окружении или вели происхождение от крещёных татар, чьи имена записывали «как слышали».

Географически фамилия тяготеет к регионам Поволжья, Южного Урала и Западной Сибири — территориям расселения татар, башкир и чувашей. В дореволюционных метрических книгах, например, по Оренбургской и Уфимской губерниям, встречаются записи «Айтушка Абдуллин» или «Айтушка Ибрагимов» — это отчество, а не фамилия. Переход имени в наследственную фамилию произошёл, скорее всего, в конце XIX — начале XX века, когда крестьянам и мещанам массово присваивали фамилии по имени главы семьи.

Спорных версий здесь немного. Можно было бы предположить, что Айтушка — искажённое «Айтуган» (тюрк. «родственник луны»), но это маловероятно: финал -шка устойчив и не характерен для случайной ошибки писаря. Словарь тюркских личных имён подтверждает бытование формы Айтуш в Казанском и Крымском ханствах. Таким образом, предки носителей фамилии Айтушка — скорее всего, тюркоязычные мусульмане, принявшие православие или жившие в смешанной среде, чьё родовое прозвище закрепилось в русской документации.