Фамилия Айтуев — редкий пример русской фамилии, образованной от тюркского имени, но с русским патронимическим суффиксом. Её основа — мужское личное имя Айтуй, которое состоит из двух частей: «ай» (луна, месяц) и «туй» (праздник, пир). В буквальном переводе имя означает «лунный праздник» или «праздник месяца». У тюркских народов такие составные имена нередко давали ребёнку, родившемуся в новолуние или в день какого-то торжества, чтобы закрепить за ним удачу и светлую судьбу.

Суффикс -ев указывает на принадлежность: Айтуев — сын Айтуя. По этой же модели в русском языке образованы многие фамилии от иноязычных имён (например, Батуев, Караев). Важно, что фамилия не прошла через привычную для тюркских языков форму с окончанием -улы/-кызы (как это было бы у казахов или татар), а была адаптирована русской административной или церковной средой при записи в документы.

Географически фамилия Айтуев встречается в основном на Северном Кавказе, особенно среди балкарцев и карачаевцев, а также у кумыков. В этих регионах имя Айтуй было распространено вплоть до XX века. Есть и другая, менее вероятная версия: что основа восходит к арабскому «айт» (знак, чудо) через посредство тюркских языков, но она слабо подтверждается — сочетание «ай» + «туй» встречается в тюркской ономастике гораздо чаще.

Социально предки носителей фамилии Айтуев, скорее всего, были свободными общинниками или узденями (в сословной иерархии горских народов — не князья, но и не рабы). Фамилия не дворянская, не купеческая, а крестьянско-старшинская, что типично для патронимических фамилий Кавказа, возникших в XVIII–XIX веках при массовой фиксации имён в метриках и ревизских сказках.