Фамилия Айзаков — случай, когда география бытования проясняет происхождение быстрее, чем разбор корня. Суффикс -ов здесь работает по стандартной русской модели отчества: «чей?» — Айзаков, то есть потомок человека по имени или прозвищу Айзак. Но само имя Айзак — не славянское, а тюркское или арабо-мусульманское, адаптированное на русской почве.

Чаще всего его возводят к тюркскому «айзак» или «айсак», где «ай» — луна, месяц, а «сак/зак» может означать «осторожный», «бережливый» или «чистый». В переносном смысле — «светлый, как луна», «луноликий». Версия, что это вариант библейского имени Исаак (Исхак), прошедший через тюркскую огласовку, менее убедительна: имя Исхак в тюркской среде давало фамилии Исхаков, а не Айзаков.

Главное, что выделяет эту фамилию, — её ареал. Айзаковы почти не встречаются в центральной России или на Урале, зато заметны среди тюркоязычных народов Поволжья и Урала: татар, башкир, чувашей. В чувашском языке слово «айсак» имеет конкретное значение — «бережливый», «экономный», и это могло быть прозвищем человека, а потом уже фамилией. У татар имя Айзак (или Айсак) фиксируется как редкое личное имя, образованное от «ай» (луна) и «сак» (чистый, непорочный). Таким образом, предок носителя фамилии мог быть татарином или чувашом, которого в русских документах записали по отцу: Айзак — сын Айзака — Айзаков.

Встречается и написание Айсаков, что подтверждает фонетическую нестабильность «з» и «с» в тюркских заимствованиях. Социальный состав носителей — в основном крестьяне и мещане, никакой знати или дворянства за этой фамилией не числится. В дореволюционных метрических книгах Казанской и Уфимской губерний Айзаковы записаны как государственные крестьяне из татар или тептярей. Так что фамилия — типичный пример того, как русский суффикс -ов «обрусел» тюркское имя, закрепив его в официальных документах.