Фамилия Айзакова — женская форма, но разговор обычно ведут о мужском варианте Айзаков. Её основа — личное мусульманское имя Айзак, которое представляет собой одну из многочисленных тюркских или кавказских адаптаций арабского имени Исхак (ветхозаветный Исаак, сын Авраама). В исламской традиции пророк Исхак почитается, поэтому имя широко распространено у народов, исповедующих ислам.

В тюркских языках (татарском, башкирском, казахском, ногайском) звук «с» в начале имени часто переходил в «й» или «ай», а финаль «-ак» — характерный уменьшительно-ласкательный суффикс. Так Исхак превращался в Айсак, Айзак, Айсах. То есть Айзак — это «маленький Исаак», «Исаак-крошка», что в быту звучало тепло, почти как домашнее прозвище.

Фамилия образована по русской модели: к основе Айзак прибавили патронимический суффикс -ов. Для тюркских фамилий это типичный способ русификации в XIX–XX веках, когда фиксировали отчество по отцу: «чей сын?» — Айзаков. Суффикс -ова в женском роде указывает на принадлежность роду Айзаковых.

Встречается фамилия в основном у татар, башкир, кумыков и у народов Дагестана. В аварском или даргинском языках имя могло звучать как Айзак, Айзах — с тем же значением. Географически Айзаковы чаще всего фиксируются в Татарстане, Башкортостане, Чечне и Дагестане, а также среди казахских и ногайских родов.

Редкая деталь: в некоторых тюркских диалектах «айзак» могло быть и самостоятельным прозвищем — от слов «ай» (луна) и «зак» (свет, сияние). Но это народная этимология, менее убедительная, чем связь с Исхаком. Основная версия — через имя пророка — подтверждается и тем, что фамилия Айзаков встречается параллельно с Айсаковым, Айсаховым, Исхаковым: все они восходят к одному корню.