Фамилия Баалахонцев — редкий случай, когда в основе лежит не имя, не профессия и не географическое название, а звукоподражательное или междометное прозвище. Её ядро — «баалахон» или «балахон», и здесь сразу возникает развилка. Самая прямая версия: перед нами вариант фамилии Балахонцев, где первая «а» удвоилась под влиянием акающего произношения (в говорах, где «баалахон» звучит растянуто) или из-за ошибки писаря. В таком случае основа — слово «балахон»: просторная верхняя одежда, мешковатый халат. Прозвище Балахон могли дать человеку, который носил такой балахон, шил их или просто ходил в неопрятной, широкой одежде.

Но есть и более редкая, хотя и правдоподобная версия, связанная с диалектным глаголом «балахонить» или «балаханить» — говорить вздор, болтать, пустословить. В некоторых северных и сибирских говорах слово «балахон» означало пустомелю, болтуна. Тогда прозвище Баалахон (или Балахон) носило не столько вещный, сколько характерологический смысл: его получал говорливый, шумный человек. Форма с двойной «а» (Баалахонцев) могла закрепиться именно в тех местностях, где растянутое произношение первого гласного было нормой — например, в вологодских или архангельских говорах.

Суффикс «-ев» прибавился к основе «Баалахон» по стандартной модели: прозвище → имя отца → фамилия. Сын Баалахона записывался как Баалахонцев, то есть «чей?» — Баалахонцев. Фамилия однозначно крестьянская или мещанская, без дворянского суффикса «-ский», и несёт на себе печать живой народной речи, где слово могло звучать и как «балахон», и как «баалахон». В современном русском языке фамилия почти не встречается — это редкий осколок диалектной лексики, сохранившийся в документах XIX — начала XX века.