Фамилия Балаховцев, вероятно, восходит к названию деревни Балахи (в Псковской области) или города Балахова (Саратовская область). Считается, что эти названия имеют тюркское происхождение и образованы от восточного личного имени Балах. Это имя предположительно ведёт начало от корня bolluq - «богатство, изобилие», от bal - «мед» или от bala - «ребенок, дитя». Возможна и непосредственная связь фамилии Балаховцев с именем Балах. В этом случае фамилия Балаховцев представляет собой отчество второго порядка: Балаховцев — сын Балахова и внук Балаха.