Фамилия Балахонцев — из числа тех, где на одно слово приходится несколько разных версий происхождения, и каждая по-своему правдоподобна. В основе лежит прозвище Балахонец, а разобраться с ним можно как минимум с трёх сторон.

Самая прямая версия отсылает к слову «балахон» — старинной крестьянской верхней одежде свободного покроя из холста или парусины. Балахонцем могли прозвать человека, который её носил, шил или продавал. Тогда прозвище указывает либо на социальное положение (крестьянин, носивший такую одежду), либо на профессию — портной или торговец холщовыми балахонами. Суффикс -ец в прозвище типичен для обозначения человека по предмету или занятию: ср. купец, стрелец, торговец.

Вторая версия — географическая. Прозвище Балахонец мог получить тот, кто родом из мест с похожим названием: город Балахна в Нижегородской области, деревни Балахновка, Балахновское и другие. Такие прозвища-топонимы — обычное дело для русских фамилий: они указывали, откуда человек пришёл на новое место. Балахна известна с XIV века, и выходцы оттуда могли разносить своё прозвище далеко за пределы родного уезда.

Третья, более редкая гипотеза, связывает прозвище со словом «балахна» — диалектным, с несколькими значениями: мера дров, разиня, а также небрежно расстегнутая одежда. Если так, то Балахонцем могли назвать дровосека или, напротив, невнимательного, рассеянного человека. Эта версия слабее двух первых — основное значение «балахна» как меры дров слишком узкое и локальное, чтобы породить устойчивое прозвище.

Словообразовательная модель фамилии проста: к прозвищу Балахонец добавился патронимический суффикс -ев (с чередованием ц/ч), то есть «Балахонцев» буквально означает «сын Балахонца». Форма на -ев, а не -ов, объясняется тем, что основа оканчивается на мягкий согласный.

Из трёх версий наиболее убедительной выглядит первая — связь с одеждой. Она объясняет прозвище через понятный и широко распространённый предмет крестьянского быта, не требует привлечения редких диалектов или предположений о переселении. Географическая версия тоже возможна, но она менее конкретна: топонимов на Балахн- много, и привязать фамилию к одному из них без документальных свидетельств трудно. Версия с «балахной»-разиней — самая шаткая, её поддерживает лишь созвучие.

Таким образом, с большой вероятностью предок Балахонцевых был либо крестьянином, носившим балахон, либо портным, который такие балахоны шил. Фамилия закрепилась в том виде, в каком мы её знаем, не позднее XVII–XVIII веков — именно тогда патронимы на -ов/-ев стали массово переходить в наследственные фамилии.