Фамилия Балахон — редкий случай, когда прозвище стало фамилией почти без изменений, без типичных суффиксов -ов или -ин. Основа здесь — слово «балахон», старинная крестьянская верхняя одежда свободного покроя из холста или парусины. Значит, предок мог быть крестьянином, который постоянно носил такую одежду, или, что не менее вероятно, портным, шившим балахоны, либо торговцем, который их продавал.

Но есть и другие версии. Прозвище Балахон могло возникнуть от названия населённого пункта — например, города Балахна в Нижегородской области или сёл с похожими названиями. В таком случае родоначальника так прозвали по месту, откуда он пришёл: «балахонский», а затем и просто Балахон. Этот путь типичен для русских фамилий, особенно в северных и центральных губерниях.

Сложнее всего с корнем «балахна». Это слово многозначное: им называли меру дров, разиню, а также небрежно расстёгнутую одежду и открытые ворота. Если прозвище пошло отсюда, то Балахоном могли прозвать либо дровосека (того, кто мерил или колол дрова балахнами), либо рассеянного, невнимательного человека. Эта версия менее распространена, но не лишена оснований: прозвища по характеру давали часто.

Фамилия Балахон сохранилась в форме прямого прозвища, без патронимического суффикса, что указывает на её древность и, возможно, на непритязательное, деревенское происхождение. В современных официальных списках она встречается редко, но именно поэтому каждый её носитель может считать, что в основе лежит не типовой шаблон, а живая история — будь то портной, крестьянин, житель Балахны или просто человек, за которым закрепилось меткое слово.