Фамилия Балахонов образована от прозвища Балахон. Оно ведет свое начало от аналогичного нарицательного со значением «старинная крестьянская верхняя одежда свободного покроя из холста, парусины и т.п.». Вероятно, прозвище содержало указание как на социальное положение, так и на род занятий основателя фамилии (крестьянин). Хотя не исключено, что прозвище относится к так называемым «профессиональным» именованиям, содержащим указание на деятельность предка: он мог быть портным или торговцем одеждой. Согласно другой гипотезе, прозвище Балахон восходит к одному их топонимов: Балахна, Балахновка, Балахновское и др. Можно предположить, что родоначальник Балахоновых был уроженцем одного из них. Возможно также, что прозвище связано со словом «балахна», которое имеет несколько значений: 1) единица меры дров, 2) разиня, 3) небрежно расстегнутая одежда и открытые по небрежности ворота. В таком случае Балахоном могли называть дровосека, либо небрежного, невнимательного человека. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Балахон, со временем получил фамилию Балахонов.