Фамилия Балахонова — одно из тех «говорящих» семейных имен, которые напрямую отсылают к быту, одежде или характеру предка. В её основе лежит прозвище Балахон. Самое очевидное объяснение: балахон — старинная крестьянская верхняя одежда свободного покроя из холста или парусины. Такой просторный кафтан носили и в поле, и в праздники, поэтому прозвище могло указывать на социальное положение основателя фамилии (рядовой крестьянин) или на его профессию: портной, который шил балахоны, либо торговец, который их продавал.

Но это не единственная версия. Слово «балахна» в русских говорах многозначно. В одних диалектах так называли единицу меры дров — и тогда Балахоном могли прозвать дровосека или человека, торгующего дровами. В других говорах «балахна» означала разиню, невнимательного человека, а также небрежно расстегнутую одежду и открытые по небрежности ворота. Прозвище в таком случае давали рассеянному или неряшливому человеку.

Есть и географическая версия. Фамилия могла возникнуть от названий населённых пунктов — Балахна, Балахновка, Балахновское. Самый известный из них — город Балахна в Нижегородской области, известный с XIV века. Родоначальник Балахоновых мог быть выходцем из этих мест, и прозвище Балахон закрепилось за ним как указание на место прежнего жительства.

Словообразовательная модель проста: к основе «Балахон» добавили типичный русский суффикс принадлежности -ов, а окончание -а указывает на женскую форму фамилии. По такой схеме в центральной России и Поволжье образовывали фамилии от прозвищ и мирских имён. Мужской вариант — Балахонов. В архивных записях и документах XIX века фамилия встречается преимущественно в Нижегородской, Костромской и Вятской губерниях — как раз в тех краях, где слово «балахон» было в ходу, а город Балахна находился по соседству.