Фамилия Балахонкина — женская форма фамилии Балахонкин, и её происхождение напрямую связано с прозвищем или профессией предка-мужчины. Основа здесь — слово «балахон»: просторная длинная верхняя одежда, часто рабочая или дорожная, из грубого холста или домотканого сукна. В разных губерниях так называли и халат, и летний кафтан, и даже накидку от дождя. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Балахонкин — «сын Балахона» или «человек из рода Балахона». Модель образования типична для русских фамилий, произошедших от прозвищ, оканчивающихся на согласный (ср. Портнов — Портновкин, Сапожник — Сапожникин).

Прозвище Балахон в XVI–XVII веках могли дать по разным причинам. Самая вероятная — по одежде: человека, который постоянно носил балахон (например, крестьянин, не снимавший рабочей одежды, или странник-богомолец), так и прозывали. Менее распространённая версия — ироничное прозвище для того, кто шил или торговал балахонами, то есть портного или коробейника. В ономастических работах, в частности у Б. Унбегауна, фамилии на -ин от названий одежды разбираются как указание на внешний признак или род занятий, причём первый вариант встречается чаще.

География фамилии Балахонкин (и её женской формы) сосредоточена в центральных и северных регионах России — Владимирской, Костромской, Ярославской, Вологодской губерниях. Там слово «балахон» было особенно употребительно, а сама одежда — повседневной. Встречаются также варианты с ударением на второй слог (Балахóнкин) и на третий (Балахонкúн), что может указывать на разную местную традицию произношения. В дореволюционных метрических книгах Балахонкины чаще всего записаны как крестьяне или мещане, реже — как купцы, что подтверждает народное, недворянское происхождение.

Стоит обратить внимание на редкий для русских фамилий суффикс -онк- в основе. В отличие от более частых -ов/-ев и -ин, сочетание -онк- встречается в прозвищах, образованных от существительных с уменьшительным или уничижительным оттенком (ср. Балахонка — «маленький балахон» или «плохой балахон»). Однако в данном случае суффикс мог быть частью прозвища (Балахонка), а не фамильным окончанием. Таким образом, фамилия Балахонкина — это не просто «принадлежащая Балахону», а, возможно, потомок того, кого в быту звали уменьшительно-пренебрежительно, что для крестьянской среды было обычным делом.