Фамилия Балахонкин образована от прозвища или нецерковного имени Балахонка, а оно, в свою очередь, — от слова «балахон». В старину балахоном называли просторную верхнюю одежду, обычно рабочую или дорожную, сшитую из холста или домотканого сукна. Человек, носивший такую фамилию, скорее всего, либо сам шил балахоны (портной-скорняк), либо постоянно ходил в такой одежде, за что и получил прозвище. В словаре русских фамилий Б. Унбегауна этот корень отнесён к группе прозвищ по характерной одежде — как, например, Шубин, Кафтанов или Сарафанов.

Суффикс -кин указывает на принадлежность: «чей?» — Балахонкин, то есть сын, потомок или человек из семьи Балахонки. По модели образования фамилия типична для северных и центральных губерний России, где суффикс -ин/-ын часто заменял более южный -ов. Однако здесь мы видим редкий вариант -кин, который мог возникнуть либо из-за того, что основа оканчивалась на «к» (Балахонка → Балахонкин), либо как диалектная форма, распространённая в Вологодской, Архангельской и Костромской землях.

Есть и другая, менее вероятная версия: связь с топонимом Балахонка — так назывались несколько небольших речек и селений в Нижегородской и Ярославской областях. Тогда фамилия могла указывать на выходца из такой местности. Но слово «балахон» в значении одежды встречается в письменных источниках с XVI века и куда более распространено, поэтому версия с прозвищем выглядит убедительнее.

В метрических книгах XVIII–XIX веков Балахонкины чаще всего встречаются среди государственных крестьян и мещан — в основном на территории нынешних Костромской, Вологодской и Вятской губерний. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано: это чисто народная, крестьянско-ремесленная фамилия, без гербов и громкой истории. В написании иногда путали с Балахониным (от слова «балахон» или от названия города Балахна), но Балахонкин — самостоятельная фамилия с чёткой словообразовательной цепочкой.