Фамилия Бабакишиева — яркий пример того, как в русской фамилии закрепилось восточное имя, переработанное по русской словообразовательной модели. С точки зрения структуры, это фамилия на -ев, образованная от мужской формы Бабакишиев через притяжательный суффикс -ев, который в русском языке указывает на принадлежность («чей?» — сын Бабакишия). Основа здесь — полное мужское имя Бабакиши, распространённое у тюркских и кавказских народов, особенно у азербайджанцев и кумыков.

Имя Бабакиши — сложное. Первая часть, «баба», в тюркских языках многозначна: это и «отец», «дед», и почтительное обращение к старшему, а в некоторых диалектах — «предок» или даже «святой». Вторая часть, «киши», означает «человек», «мужчина». В буквальном переводе Бабакиши — «человек-отец», «почтенный старец» или «мужчина, достойный уважения, как отец». Это имя давали в честь деда или как пожелание, чтобы мальчик вырос уважаемым главой рода.

Фамилия Бабакишиева — относительно редкая. Её носительницы в основном встречаются в регионах со смешанным русско-тюркским населением: в Дагестане, Чечне, Ставропольском крае, а также в Азербайджане и среди азербайджанской диаспоры. В русском контексте фамилия закрепилась в женской форме, что типично: Бабакишиев — мужчина, Бабакишиева — женщина.

Интересно, что в фамилии сохранился нередуцированный гласный «и» перед суффиксом, что говорит о её позднем оформлении в русской среде — скорее всего, в XIX–XX веках, когда в метрики и паспорта вносили уже готовые национальные имена, не адаптируя их фонетически. В отличие от фамилий на -ов, где основа часто усекается (Иван — Иванов), здесь имя Бабакиши вошло в фамилию целиком, без потери последнего слога. Это делает Бабакишиеву похожей на такие фамилии, как Алишиев или Мамедшиев, где восточное имя-основа не ужимается, а лишь получает русский суффикс.

Других версий происхождения, кроме как от личного имени, у этой фамилии нет. Связь с прозвищем или профессией маловероятна: слово «бабакиши» в русском языке не зафиксировано как нарицательное, а значит, фамилия — чисто патронимическая, указывающая на предка по имени Бабакиши.