Фамилия Бабердины — одна из тех, что ставит перед исследователем задачу, а не даёт готового ответа. Она образована от прозвища Бабердя, а само прозвище, скорее всего, связано с украинским глаголом «бабрати». Значений у этого глагола несколько: «пачкать, мазать» и «перебирать, перебрасывать что-либо, нарушая порядок». Если взять первое значение, прозвище могло стать профессиональным — так называли человека, чья работа была связана с красками, грязью или составами. Возможно, предок Бабердиных был иконописцем, художником-лубочником или, наоборот, дегтярником. Есть и более узкая версия: Бабердя мог заниматься изготовлением мазил — так раньше называли белила, румяна и другие косметические притирания.

Менее вероятна связь с диалектным словом «баберек» — так в песнях и сказках называли шёлковую парчу. Если допустить эту версию, прозвище мог получить торговец тканями или одеждой, но выглядит она слабее: слишком далеко от основы «бабр-» и слишком привязана к фольклорному, а не бытовому контексту.

Сама фамилия построена по стандартной русской модели: к основе на -я добавляется суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — Бабердин, то есть сын или потомок Баберди). Это типичный «притяжательный» суффикс, который в русских фамилиях чаще всего присоединяют к основам, оканчивающимся на гласный или мягкий согласный.

Точное место и время возникновения фамилии Бабердин установить сложно: письменных источников по ней мало, и процесс закрепления прозвищ в качестве фамилий растянулся на столетия. Ясно одно: перед нами памятник живой разговорной традиции, где прозвище могло родиться из одного нехитрого наблюдения — за манерой работать, за родом занятий или за привычкой «бабрать» что-то не в том порядке.