Фамилия Байбердина — женская форма фамилии Байбердин, и чтобы понять её происхождение, нужно разобрать мужской вариант. В основе лежит прозвище или имя Байберда, которое, скорее всего, тюркского происхождения. Первая часть «бай» в тюркских языках означает «богатый, знатный, господин». Вторая часть «берда» или «берди» — это форма глагола «дать» (беру, берди). Таким образом, Байберда можно перевести как «богатством данный» или «данный господином». В ономастике такие имена-пожелания были распространены: имя давали с надеждой, что ребёнок будет удачливым и состоятельным.

Суффикс «-ин» указывает на принадлежность: Байбердин буквально означало «сын Байберды» или «из рода Байберды». Это типичная русская патронимическая модель, которая закрепилась за носителями тюркского прозвища. Фамилия могла возникнуть в среде татар, башкир или других тюркоязычных народов, которые входили в состав Российского государства и принимали православие, либо в среде русских, живших в тесном контакте с тюркским населением.

Географически фамилия Байбердина встречается в регионах с сильным тюркским влиянием: в Башкортостане, Татарстане, в Оренбургской и Челябинской областях. Встречаются и варианты написания — Байбердин, Байбердинов, что отражает разную степень адаптации к русской грамматике. Вторая форма, с суффиксом «-ов», встречается реже и тоже означает «сын Байберды».

Родственные фамилии — Бердин, Бердиев, Байбердыев — построены на тех же корнях, но с разными суффиксами. Если Байбердин — это чисто русская форма (суффикс «-ин»), то Бердиев — скорее тюркская или кавказская. Сравнение показывает, что предки носителей фамилии Байбердина, вероятно, были тюркоязычными людьми, которые либо обрусели, либо жили в смешанной среде, где русская фамильная модель стала основной.

Сословно фамилия не элитарная: «бай» хоть и означал богатого человека, но как прозвище могло закрепиться за крестьянином, ремесленником или казаком. В документах XVIII–XIX веков Байбердины встречаются среди государственных крестьян и казаков Уральского и Оренбургского казачьих войск.