Фамилия Бабердина — женская форма от Бабердин, а та образована от личного имени Баберды. В основе лежит тюркское слово «бабер» — «тигр». К нему прибавили древнетюркский суффикс -ды, который в данном случае, скорее всего, оформлял имя-пожелание. Называя ребёнка Баберды, родители желали ему силы и смелости хищника, а заодно — чтобы природа приняла мальчика как своего. Имя-оберег с «тигриным» значением должно было передать носителю качества зверя.

Со временем имя Баберды превратилось в фамилию по простой модели: основа + типичный русский суффикс принадлежности -ин. Фамилия Бабердин (и её женский вариант Бабердина) буквально означает «чей?» — из рода Баберды. Это характерная для восточнославянской ономастики схема, когда прозвище или нецерковное имя отца становилось фамилией детей.

Суффикс -ин указывает на принадлежность к конкретному лицу, а не на местность (как -ский) или прозвищную группу (как -их/-ых). Поэтому можно уверенно сказать: предок носителей фамилии был человеком по имени Баберды. В русских говорах и документах фамилия могла писаться через «а» или «о» под влиянием аканья, но корень остаётся тем же.

Встречаемость фамилии невысокая, что говорит о её локальном происхождении. Известно, что представители рода Бабердиных жили в Поволжье. В Книге памяти Самарской области записан Михаил Григорьевич Бабердин, 1894 года рождения, уроженец Самары. Эта запись — реальное подтверждение бытования фамилии в регионе, где тюркское влияние на русские имена и прозвища было особенно сильным из-за многовекового соседства с татарами, башкирами и чувашами.

Слово «бабер» в значении «тигр» сейчас почти вышло из употребления, но в тюркских языках (например, в чагатайском и староказахском) оно фиксируется. В русском языке это имя-прозвище — редкий случай сохранения древнего пласта лексики в фамилии.