Фамилия Бабердин образована от прозвища Бабердя. Его происхождение спорно, но основная версия связывает прозвище с украинским глаголом «бабрати». У этого слова два значения: «пачкать, мазать» и «перебирать, перебрасывать что-либо, нарушая порядок». Оба значения могли лечь в основу профессионального прозвища.

Если отталкиваться от «пачканья», то Бабердей могли называть «мазилу» — иконописца, художника-лубочника или человека, занятого грязной работой, например, дегтярника. Есть и более узкая версия: прозвище мог получить изготовитель мазил — то есть белил, румян или притираний. Такое ремесло в старину было востребовано, но выделяло человека на фоне остальных.

Второе значение глагола «бабрати» — нарушать порядок, перебрасывать вещи. В этом случае прозвище могло закрепиться за неаккуратным, суетливым человеком, который постоянно что-то перекладывает и создаёт беспорядок. Такие бытовые прозвища были распространены в крестьянской среде и нередко становились основой фамилий.

Менее вероятная версия отсылает к диалектному слову «баберек» — так в песнях и сказках называли шёлковую парчу. Если допустить эту гипотезу, то Бабердей могли прозвать торговца тканями или одеждой. Но эта версия слабее: слово «баберек» встречается редко и в основном в фольклорных текстах, а не в бытовой речи.

Суффикс -ин в фамилии Бабердин указывает на принадлежность: «чей?» — Бабердин, то есть сын или потомок Баберди. Это типичная модель для русских фамилий, образованных от прозвищ на -а/-я. Фамилия редкая, её носителей немного, и географически она не привязана к одному региону — встретить Бабердиных можно и в центральной России, и на Урале, что говорит о постепенном расселении рода.