Фамилия Бабердин образована от прозвища Бабердя, которое, предположительно восходит к украинскому глаголу «бабрати» - «пачкать, мазать», «перебирать, перебрасывать что-либо, нарушая порядок». Таким образом, прозвище Бабердя может относиться к профессиональным именованиям, указывающим на род деятельности предка. Возможно, основатель рода Бабердиных был «мазилой», то есть иконописцем или художником-лубочником, или же занимался грязной работой, например, был дегтярником. Возможно также, что человек по прозвищу Бабердя занимался изготовлением мазил (то есть белил, румян или притираний). Менее вероятно, что в основе этого прозвище лежит диалектное слово «баберек» - «шелковая парча, поминаемая в песнях и сказках». В этом случае, Бабердей могли прозвать торговца одеждой, тканями. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Бабердя, со временем получил фамилию Бабердин.