Фамилия Бабука звучит не по-русски, и это первое, что бросается в глаза. Она не вписывается в привычную модель на -ов, -ин или -ский. Её основа — Бабук — скорее всего, усечённая форма имени или прозвища, а окончание -а указывает на южное или западное происхождение.

Самый прямой путь к происхождению — украинский или белорусский корень «бабук». В восточнославянских говорах так называли старика, деда, иногда — ворчливого или старого человека. В украинском языке слово «бабук» фиксируется в значении «старый дед», а также может быть прозвищем для того, кто любит ворчать или копирует стариковскую походку. Фамилия образовалась напрямую от такого прозвища: человека прозвали Бабуком, а его дети пошли по отцу — «чей?» — Бабука. Модель без суффикса (чистая основа + -а) типична для украинских фамилий: Голова, Лобода, Скоробагатько.

Вторая версия — румынская или молдавская. В румынском языке «băbuță» или «băbuș» — ласковое обращение к бабушке, старушке. Но фамилия Бабука (Băbucă) встречается в Молдове и на Буковине. Здесь она могла означать человека, живущего с бабушкой, или того, кого так прозвали за характер. Спор между славянским и романским корнем решается просто: если фамилия встречается на Левобережной Украине — скорее славянское прозвище; если в Бессарабии или на Буковине — возможна румынская основа. Без конкретной географии носителя обе версии равноправны.

Есть и третья, более редкая гипотеза: связь с тюркским «бабук» — «маленький, коротышка». В тюркских языках это слово могло означать низкорослого человека. Но эта версия слабее: тюркские фамилии на -а в русском языке — исключение, а в украинском и белорусском такие заимствования обычно получали суффикс -енко или -ук.

Фамилия Бабука — хороший пример того, как одно слово может рассказать о трёх разных культурах. Её носитель мог быть потомком ворчливого старика из украинского села, молдаванина с ласковым прозвищем или, реже, человека невысокого роста. Выяснить точно поможет только семейная история: откуда приехали предки и в какой среде жили.