Фамилия Бачернихин — редкая и необычная по своему строению. В ней сразу бросается в глаза суффикс -ихин, который встречается значительно реже, чем стандартные -ов/-ев или -ин. В русской ономастике суффикс -ихин указывает на принадлежность к женщине: он образует фамилии от женских прозвищ или имен, часто в значении «чей?» — «сын такой-то». То есть Бачернихин — это не «сын Бачерни», а «сын Бачернихи». Такая модель была распространена на Русском Севере и в некоторых центральных областях, где женщину в семье называли по мужу: если мужа звали Бачерня, то жена становилась Бачернихой, а их дети — Бачернихиными.

Основа фамилии — Бачерня. Это слово не встречается в современных словарях, но его можно разобрать по частям. Корень «бач-» или «бачер-» может быть связан с диалектным глаголом «бачать» (видеть, зреть) или с украинским и южнорусским «бачити» (то же значение). Однако более вероятна связь с прозвищем от слова «бачера» — в некоторых говорах так называли человека с большими глазами или того, кто любит подглядывать. Вторая часть — суффикс -ерн- — могла усиливать прозвищный оттенок, делая его более грубоватым или насмешливым.

Вероятнее всего, фамилия возникла в среде крестьян или посадских людей, где прозвища были конкретными и часто описывали внешность или привычки. Прямых документальных свидетельств о носителях фамилии Бачернихин в исторических источниках мало — это говорит о её локальном бытовании, возможно, в одной из северных или центральных губерний. Не исключено, что исходное прозвище Бачерня могло звучать как Бачерный или Бачерной, но в форме женского рода оно закрепилось именно в варианте Бачерниха.

Сравнение с однокоренными фамилиями показывает, что Бачернихин стоит особняком. Встречаются фамилии Бачеров, Бачерин, Бачерников — все они образованы от тех же корней, но по другим моделям. Бачернихин же уникален тем, что сохранил в своей основе именно женскую форму прозвища, что делает его ценным свидетельством севернорусской традиции называния по матери или хозяйке дома.