Баетов — фамилия с прозрачной, но неоднозначной основой. Если отбросить суффикс -ов, который указывает на принадлежность («чей?»), остаётся корень «Бает». Это либо тюркское имя, либо прозвище, либо искажённое географическое название.

Самая вероятная версия — происхождение от тюркского имени Бает. В казахском, киргизском, башкирском языках «бай» означает «богач, хозяин, господин», а уменьшительно-ласкательный аффикс -ет даёт форму «Бает» — что-то вроде «богатенький» или «господинчик». Такие имена давали детям в надежде на достаток или как уважительное прозвище взрослому. Фамилия Баетов, соответственно, означает «потомок Баета».

Есть и другой вариант: фамилия могла возникнуть от названия села Баево или Баетово. Такие топонимы встречаются в Башкортостане и Татарстане. Тогда предок был «баетовский» — выходец из этого села. Но для такой модели типичен суффикс -ский (Баевский), а не -ов, поэтому версия с личным именем выглядит убедительнее.

Менее вероятно, но возможно, что основа восходит к глаголу «баять» — говорить, рассказывать. В этом случае «Бает» — тот, кто бает, сказитель. Однако в русской ономастике фамилии от глаголов обычно образуются через причастия (Говоров, Сказителев), а не через форму 3-го лица единственного числа, так что эта гипотеза слабая.

Фамилия Баетов распространена преимущественно в Поволжье и на Урале — в Башкортостане, Татарстане, Оренбургской и Челябинской областях. Это указывает на тюркские корни носителей. Встречается также у киргизов и казахов, где имя Бает до сих пор бытует.

Словообразовательная модель проста: тюркское имя Бает + русский патронимический суффикс -ов. Такую же схему мы видим в фамилиях Баитов, Баев, Байков — все они восходят к тюркскому «бай».