Фамилия Багдатова — женская форма фамилии Багдатов, и её разбор стоит начать с мужского варианта, потому что именно он хранит ключ к происхождению. Основа «Багдат» — это, скорее всего, не полное имя, а сокращённая или обиходная форма от сложносоставного мусульманского имени. В тюркских и кавказских языках распространена модель, где первая часть «баг» (от персидского «баг» — сад, или от тюркского «баг» — узел, связь) соединяется со второй частью «дат» (от персидского «дад» — дар, правда, или тюркского «дат» — ровесник, друг). Таким образом, Багдат могло означать «сад справедливости», «дар бога» или «верный друг» — в зависимости от того, какой язык считать исходным и какую часть имени усекли.

Суффикс «-ов» в фамилии Багдатов указывает на русскую модель образования от отчества: «чей?» — Багдатов, то есть сын Багдата. Это говорит о том, что предок носителя фамилии жил в регионе, где русская административная культура смешивалась с местными именами. Чаще всего такие фамилии встречаются у народов Северного Кавказа (особенно у кумыков, балкарцев, карачаевцев), у татар и у народов Дагестана. В этих краях имя Багдат (иногда в форме Багдад) фиксировалось ещё в XIX веке, но не было массовым — скорее, локальным.

Интересная деталь: если отбросить версию об арабском или персидском происхождении, можно увидеть, что «Багдат» могло возникнуть как прозвище. В некоторых тюркских говорах «багдат» — человек, который «завязывает» (баг) дела, то есть устроитель, посредник. Тогда фамилия отражает не имя, а род занятий или черту характера конкретного человека, за которым закрепилось такое прозвище.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Багдасаров, Багдатьев — показывает, что корень «багд» устойчив именно в среде, где персидское влияние накладывалось на тюркскую основу. Фамилия Багдатова, таким образом, несёт следы многовекового культурного обмена между оседлыми и кочевыми народами, а её носители, скорее всего, происходят из семей, где имя давали с пожеланием благополучия и справедливости.