Фамилия Багдатов звучит так, будто отсылает к столице Ирака, но на самом деле её корни чисто тюркские и уходят в доисламскую эпоху. В основе лежит личное имя Багдат, которое образовано от двух тюркских слов: «бак» (смотри, гляди) и «дат» (дай, подай). В буквальном смысле Багдат — это «смотри и давай», то есть имя-пожелание, которое должно было обеспечить ребёнку щедрую судьбу или, по другой версии, указывало на бдительного, заботливого человека. Имя это встречается у татар, башкир, казахов и других тюркских народов, а фамилия Багдатов — типичная русская патронимическая форма на -ов, означающая «потомок Багдата».

Интересно, что фамилия эта не имеет никакого отношения к городу Багдад, хотя внешнее сходство бросается в глаза. Топоним «Багдад» — иранского происхождения («данный богом»), а тюркское имя Багдат — совершенно другая словообразовательная модель. Смешивать их начали уже в XX веке, когда географические названия стали привычными на слух, но для ономастики это два разных источника. Если бы фамилия происходила от города, она скорее имела бы форму Багдадский или Багдадов — с другим суффиксом и ударением.

Фамилия Багдатов распространена в Поволжье, особенно среди татарского и башкирского населения, а также встречается у астраханских ногайцев. Встречаются варианты написания с одной «д» — Багатов, но это уже результат упрощения при записи в русских документах. Социально предки-носители этой фамилии могли быть как крестьянами, так и служилыми людьми — тюркские имена часто получали и рядовые общинники, и представители местной знати, переходившие на русскую службу. Точных данных о дворянском происхождении Багдатовых нет, фамилия остаётся преимущественно народной.