Фамилия Багдонас образована от имени Багдон, литовского варианта славянского имени Богдан, которое переводится на русский язык как «данный богом». Покровителем имени стал святой мученик Феодот Кесарийский, принявший при крещении имя Богдан. В старину верили, что если дать ребенку имя святого, то жизнь его станет светлой, хорошей, и любые трудности он будет преодолевать очень легко.