Фамилия Бахмурина звучит так, будто в ней спрятан топоним, и это первая версия, которая приходит в голову ономасту. Основа «Бахмур» почти наверняка восходит к названию реки Бахмут (приток Северского Донца) и одноименного города (ныне Бахмут, до недавнего времени — Артёмовск). Связь прозрачна: переселенец из тех мест мог получить прозвище Бахмур, которое затем закрепилось в фамилии. Фонетический переход «т» в «р» встречается в русских говорах, особенно при быстром произношении или в диалектах: Бахмут -> Бахмур. Это типичная модель для фамилий, образованных от названий рек и городов (сравните: Волгин от Волга, Москвин от Москва).

Вторая версия отталкивается от тюркского корня. В языках тюркской группы слово «бахмур» или близкие ему формы могли означать «хмурый», «пасмурный» или относиться к цвету (мутный, темный). В этом случае прозвище Бахмур дали человеку угрюмого нрава или, возможно, со смуглой кожей. На юге России, в зоне активных контактов с тюркскими народами, такие прозвища были обычным делом. Однако географическая привязка к Бахмуту выглядит более конкретной и статистически вероятной, учитывая массовость миграций из Малороссии в центральные губернии.

Суффикс «-ин» указывает на принадлежность: Бахмурин — сын Бахмура. Это стандартная модель для фамилий, образованных от прозвищ, оканчивающихся на согласный. Встречаются и варианты написания через «о» — Бахмуров, но форма на «-ин» характерна для территорий, где был силен «акающий» говор, или для фамилий, записанных именно в таком виде в документах. Носитель фамилии Бахмурина — потомок человека, которого либо «прописали» по месту выхода из Бахмута, либо прозвали за невеселый нрав. Других, более экзотических версий (например, от забытого языческого имени) у этой фамилии нет.