Фамилия Бахныкин — довольно редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. В ней слышится что-то южное или украинское, но на самом деле перед нами типичная русская модель образования с суффиксом -ин. В основе лежит прозвище или неканоническое имя Бахныка, которое, скорее всего, восходит к глаголу «бахнуть» — ударить, грохнуть, выстрелить. В диалектах «бахныка» могли называть человека шумного, резкого в движениях или того, кто работает с грохотом — например, кузнеца или плотника, который «бахает» молотком.

Словообразовательная цепочка проста: корень «бах-», суффикс субъективной оценки «-нык-» (как в «крикун» или «ворчун») и фамильный суффикс -ин, указывающий на принадлежность: «сын Бахныки». Если бы основа оканчивалась на согласный, мы бы получили Бахныков, но финаль на -а даёт именно вариант Бахныкин. Встречаются и однокоренные фамилии — Бахнов, Бахнин, Бахмутов, но Бахныкин стоит особняком из-за редкого суффикса -нык-, который в фамилиях встречается нечасто и придаёт прозвищу оттенок постоянного свойства: не просто «бахнул», а «тот, кто постоянно бахает».

Географически фамилия тяготеет к центральным и южным регионам России. В дореволюционных списках она изредка встречается в Тамбовской, Рязанской и Воронежской губерниях. Крестьянское происхождение наиболее вероятно: прозвище могло закрепиться за человеком, который славился громким голосом, тяжёлой походкой или работой, связанной с ударами. Версия о связи с украинским «бахнити» (грохотать) или польским «bachnąć» (стукнуть) не противоречит русскому корню, но в данном случае форма с суффиксом -нык- скорее местная, северорусская или среднерусская.

Дворянских родов с такой фамилией в гербовниках не числится, а значит, её носители — потомки крестьян, ремесленников или однодворцев. В советское время фамилия не исчезла, но осталась малочисленной — по данным переписей, её носят не более нескольких сотен человек по всей стране. Писать её следует только через «ы»: Бахныкин, а не Бахникин — это не опечатка, а исторически сложившееся написание, сохранившее твёрдость корня.