Фамилия Бахрушина — женская форма фамилии Бахрушин, а та, в свою очередь, ведет начало от прозвища или нецерковного имени Бахруша. Основа фамилии — тюркское слово «бахр» (море, большой водоем), но в русской среде оно переработалось в уменьшительно-ласкательную форму. Чаще всего так в XVI–XVII веках называли крупного, полного человека — «море» в переносном смысле, как синоним дородности. Встречается и другая версия: от диалектного глагола «бахрушить» — греметь, шуметь, буянить. Тогда Бахрушей могли прозвать крикливого, беспокойного ребенка или сварливого взрослого.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Бахрушин — сын Бахруши. Такая модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ на -а/-я. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще давали по отцовскому имени, здесь основа — прозвище самого отца. Географически фамилия Бахрушины закрепилась в центральных русских областях, особенно в Москве и Подмосковье. Известны купцы Бахрушины — знаменитая династия меценатов и коллекционеров, основателей театрального музея в Москве. Их род восходит к крестьянам Зарайского уезда Рязанской губернии, что подтверждает народное, а не дворянское происхождение фамилии.

Ударение в фамилии Бахрушина — на второй слог: Бахру́шина. Встречающееся произношение с ударением на «и» (Бахрушина́) считается просторечным и не соответствует исторической модели: суффикс -ин в таких фамилиях никогда не бывает ударным, если основа не односложная. Фамилия достаточно редкая: по данным переписей, ее носителей в России не более нескольких тысяч, и большинство из них — потомки выходцев из Рязанской и Тульской губерний.