Фамилия Баклуновы (в мужской форме — Баклунов) образована от личного прозвища Баклун. Слово «баклун» — это диалектный вариант более известного «баклан», то есть морская птица. Так могли прозвать человека за внешнее сходство: длинную шею, крупный нос или неуклюжую походку. Однако у этой основы есть и другое, более живое значение.

В русских говорах бытовали глаголы «бакланить», «баклушить», «баклушничать». Они означали «бездельничать, шататься праздно, бить баклуши». Прозвище Баклун могли дать нерадивому работнику, лентяю или человеку, который любил проводить время впустую. Эта версия выглядит убедительнее, чем прямая «птичья», поскольку прозвища по поведению и характеру давали чаще, чем по сходству с животными.

Фамилия построена по стандартной патронимической модели: суффикс -ов указывает на принадлежность — «сын Баклуна». Такая модель в XV–XVII веках стала господствующей в центральной России, вытеснив более ранние формы на -ин и -их. Поэтому Баклуновы — не редкий тип фамилии, а скорее классический пример прозвища, перешедшего в наследственное имя.

Точно определить, где и когда впервые появилась эта фамилия, сложно. Она могла возникнуть в любой местности, где употреблялось слово «баклун» в том или ином значении. Среди однокоренных фамилий — Бакланов (от того же «баклан»), Баклушин (от «баклуша» — обрубок дерева для битья баклуш) и Баклушников. Все они восходят к общему корню, связанному с праздностью или ремеслом, но Баклуновы стоят особняком: их прозвище могло быть ироничным или даже насмешливым, указывая на конкретную черту предка.