Фамилия Баклунов восходит к прозвищу Баклун, которое является производным от нарицательного «баклан» (род птиц). Более вероятной представляется связь прозвища с диалектными глаголами «бакланить, баклушить, баклушничать», т.е. Таким образом, потомки человека, обладающего прозвищем Баклун, со временем получили фамилию Баклунов.