Фамилия Балунова — женская форма от Балунов, и её ключ к происхождению лежит в прозвище, а не в церковном имени. Основа — глагол «баловать» в его старом, более широком значении: не только «шалить», но и «портить, давать поблажку, дурить». Человек, получивший прозвище Балун, мог быть озорником, проказником, тем, кто не слушается старших или нарушает порядок. Однако есть и другая, менее очевидная версия: в некоторых говорах «балуном» называли того, кто балует (то есть щедро одаривает) или, наоборот, изнеженного, избалованного баловня судьбы. Оба значения легко переходили в личное прозвище.

Суффикс -ов- указывает на типичную русскую модель образования фамилий в XVI–XVII веках: «чей сын?» — Балунов, то есть сын Балуна. Форма Балунова, соответственно, означает «принадлежащая роду Балуновых» или «жена/дочь Балунова». Фамилия не относится к числу редких, но и не сверхраспространена: её очаги встречаются в центральных областях России, особенно в бывших Владимирской, Костромской и Нижегородской губерниях. Там диалектное слово «балун» в значении «шалун» было особенно употребительно.

Любопытно, что фамилия могла возникнуть и как охранительное имя. В крестьянской среде, где детская смертность была высока, родители могли нарочно дать ребёнку «плохое» прозвище — например, Балун (в смысле «непослушный, бедовый»), чтобы обмануть злых духов: мол, этот ребёнок никому не нужен, пусть живёт. В таком случае фамилия хранит не характеристику предка, а суеверный оберег.

В отличие от фамилий на -ский, которые часто указывали на дворянское происхождение, Балунова — фамилия однозначно народная, крестьянская или мещанская. В дореволюционных метрических книгах носители этой фамилии чаще всего записаны как государственные крестьяне или мастеровые. Фамилия не имеет отношения ни к каким балетным или театральным корням, хотя внешнее созвучие со словом «балет» иногда вводит в заблуждение.