Фамилия Балунин образована от прозвища или нецерковного имени Балун. Основа здесь — глагол «балу́ть» или «бало́ть» в северных и сибирских говорах, означавший «шалить, проказничать, дурачиться». Соответственно, Балуном называли озорника, повесу, человека, склонного к шуткам и выходкам. В некоторых диалектах, например в архангельских, у слова «балун» было и другое значение — «баловень, любимец», так что прозвище могло быть и ласкательным.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Балунин, то есть сын или потомок Балуна. Модель образования типична для русских фамилий XVI–XVII веков, когда отчество на -ин закреплялось за потомками и переходило в наследную фамилию. Форма Балунов (с суффиксом -ов) в принципе возможна, но встречается реже; вариант на -ин — основной.

В ономастических справочниках фамилия Балунин не относится к числу широко распространённых. По данным переписей и архивов XIX века, её носители чаще всего фиксировались в центральных и северных губерниях России — в Костромской, Вологодской, Вятской. Это согласуется с диалектной географией самого слова «балун»: оно активно бытовало именно на Русском Севере и в Поволжье.

Стоит упомянуть и менее очевидную версию. В некоторых говорах «балун» могло быть производным от «баля» — так в ряде мест называли болтуна или пустомелю. Тогда значение прозвища смещается от озорства к пустословию. Но эта гипотеза слабее: связь с глаголом «баловать» прослеживается прямее и подтверждается большим числом однокоренных фамилий — Балуев, Балунов, Балуткин.

Таким образом, предки Балуниных с высокой вероятностью были людьми живыми и не слишком степенными — либо теми, кого в семье ласково называли баловнем. Крестьянское происхождение фамилии не вызывает сомнений: в дворянских родословных книгах она не встречается.