Фамилия Балуновская — редкая и показательная с точки зрения географии и социального происхождения. Она образована по модели, типичной для польской, украинской и белорусской шляхты, а также для русского духовенства: основа плюс суффикс -ск- и окончание -ая (женский род) или -ий (мужской). В мужском варианте фамилия звучала бы как Балуновский.

Корень здесь — прозвище или имя Балун. В русских говорах «балун» — это шалун, проказник, баловник. В украинском и белорусском языках слово «балун» могло означать и «лентяй», и «шутник», и «тот, кто балуется, не слушается». Таким образом, основа фамилии — прозвище, данное человеку за живой, озорной или несерьёзный нрав. Прямого указания на ремесло или статус здесь нет, только на черту характера.

Суффикс -ск- в фамилиях такого типа чаще всего указывает на дворянское или шляхетское происхождение либо на принадлежность к месту. В польской традиции фамилии на -ский носили землевладельцы, владевшие поместьем или хутором, название которого становилось их родовым именем. В русской среде — особенно у духовенства — семинаристы нередко получали фамилии на -ский от своих прозвищ или от названий церковных праздников, но в случае с Балуновским, скорее всего, мы имеем дело с западнорусским или польским корнем. Вероятнее всего, предок носителя фамилии жил в местечке под названием Балуново или Балуны — такие топонимы встречаются в Беларуси и на западе России (например, деревня Балуны в Витебской области). Фамилия могла возникнуть, когда человека называли «тот, кто из Балунов», а со временем закрепилась как родовое имя.

Менее вероятна, но возможна версия, что фамилия происходит от личного имени Балун — уменьшительной формы от крестильного имени Валентин или Валерьян, но это не подтверждается источниками. В словаре русских фамилий Б. Унбегауна и в работах В. Никонова фамилия не фигурирует как массовая, что подтверждает её редкость.

Встречаемость фамилии Балуновская сегодня невелика, она сосредоточена в основном в западных регионах России, в Беларуси и, возможно, среди потомков переселенцев в Сибири. Носительницы этой фамилии могут с высокой долей вероятности проследить свои корни к мелкой шляхте или крестьянству западнорусских земель, где прозвища переходили в фамилии через привязку к месту жительства.