Фамилия Балунина — женская форма, образованная от мужской Балунин. В основе лежит прозвище Балуня. Чаще всего его связывают с белорусским диалектным глаголом «балувацца» — шалить, озорничать, проказничать, позволять себе вольности или заниматься чем-то не всерьёз. Отсюда прозвище могли дать баловнику, весёлому, шаловливому ребёнку или взрослому, склонному к озорству. В этом случае фамилия прямо указывает на характер предка: её получил потомок человека, которого в округе знали как проказника.

Суффикс -ин в фамилии Балунин — одна из самых распространённых моделей в русской ономастике, обозначающая принадлежность: «чей?» — сын или внук Балуни. Такая модель типична для северных и центральных областей России, где фамилии на -ин не уступают по частоте фамилиям на -ов/-ев.

Менее вероятная версия выводит прозвище Балуня из литовского boluoti — «белеть». Тогда прозвище могло описывать внешность: человека со светлыми волосами или бледной кожей. Однако эта гипотеза слабее — во-первых, литовское влияние на русские прозвища ограничено географически (западные регионы), во-вторых, для описания светлой внешности в славянской среде существовали более привычные корни (Беляй, Беляк, Белов).

Таким образом, основное значение фамилии Балунина — «принадлежащая Балуне», то есть потомку шалуна или озорника. Фамилия редкая, сконцентрирована в основном в центральных и северо-западных областях России, что подтверждает связь с диалектной лексикой.