Фамилия Балун — редкий случай, когда прозвище или имя почти не изменило формы, перейдя в наследственное именование. В русской традиции суффиксы -ов, -ев, -ин присоединялись к основе, образуя притяжательные фамилии («чей сын?»). Здесь же суффикса нет: Балун — это чистая основа, которая и стала фамилией. Такая модель встречается у украинских, белорусских и южнорусских фамилий, где прозвище часто закреплялось без наращения.

Корень слова — «бал-», тот же, что в глаголах «балагурить», «баловить», «баловать». В диалектах «балун» означало шалуна, проказника, озорника. В некоторых говорах — болтуна или пустого человека, который любит потешить компанию. Прозвище могли дать непоседливому ребёнку или взрослому с весёлым, но несерьёзным нравом.

Есть и другая, менее очевидная версия. В западных и южных говорах «балун» — это тот, кто балуется, то есть занимается колдовством, знахарством, «балует» (от «баловать» в значении «ворожить»). В этом случае предок мог быть деревенским лекарем или человеком, которого подозревали в магических практиках. Оба значения — шалун и знахарь — укладываются в одну словообразовательную модель, и различить их без точной документальной записи почти невозможно.

Географически фамилия встречается на западе России, в Беларуси и на Украине. В русских переписных книгах XVII века такая форма не фиксируется, что косвенно указывает на её позднее оформление — скорее всего, в XVIII–XIX веках, когда крестьянам массово присваивали фамилии по уличным прозвищам.

Интересно, что фамилия Балун не имеет однозначного «дворянского» или «крестьянского» следа. Судя по отсутствию суффикса, её носители — выходцы из среды, где фамилии закреплялись в быту, а не через канцелярию. Это мог быть и крестьянин, и мещанин, и казак. Точнее сказать нельзя: слишком мало записей и слишком широкий круг возможных занятий предка.