Фамилия Бакнина — женская форма, а её основа — мужское прозвище Бакня. Чаще всего за ним стоит диалектный глагол «бакланить» (или «баклушить», «баклушничать»), то есть бездельничать, проводить время в праздности. Такое прозвище давали человеку, которого считали нерадивым работником, лентяем. В народе слово «баклуши» означало чурки для выделки мелких деревянных изделий, и «бить баклуши» стало синонимом пустого времяпрепровождения.

Есть и другая, менее распространённая версия. Она связывает прозвище Бакня с нарицательным «бакан» — так называли красильный лак, особенно багряную краску. Её добывали из червца (насекомого кошенили) и марены (растения, дающего красный корень). Если это так, то прозвище могло закрепиться за художником, иконописцем или красильщиком тканей — человеком, который работал с красками.

Фамилия образована по типичной русской модели с суффиксом -ин, указывающим на принадлежность: «чей?» — Бакнин, то есть сын или потомок Бакни. Такая модель чаще встречалась в северных и центральных регионах России, где фамилии на -ин вытесняли более южные -ов. В данном случае мы видим именно женский вариант фамилии — Бакнина, который в русской традиции закрепился за женщинами как неизменяемая форма при склонении.

Интересно, что обе версии — и «бездельник», и «красильщик» — ведут к прозвищам из народной среды, а не из боярских или дворянских кругов. Это говорит о том, что предки носителей фамилии Бакнина, скорее всего, были простыми людьми: ремесленниками, крестьянами или работными людьми, чьё прозвище со временем стало родовым именем.