Фамилия Баковецкий — одна из тех, где суффикс -цк(ий) даёт ключ к происхождению. Эта модель типична для польской, украинской и белорусской шляхты: суффикс прикрепляли к названиям мест, которыми владели. Баковецкий, скорее всего, образован от топонима Баковцы, Баковица или Бакова. Такие названия встречаются на западе Украины и в Польше — например, село Баковцы есть во Львовской области, а Баковица — в Черновицкой. Значит, предок носителя фамилии был либо владельцем такого поместья, либо выходцем из него.

Корень Бак- в славянских языках многозначен. В польском и украинском «бак» — это чан, кадка, большая деревянная ёмкость для жидкостей. Отсюда прозвище Бак могли дать бондарю или человеку, торговавшему бочками. Но есть и другая линия: в южнорусских говорах «бак» означало «белый» (от тюркского «бак» — белый), а также «взгляд» или «пристальное внимание». Однако для фамилии с -цк(ий) географическая версия убедительнее ремесленной: шляхетский суффикс редко крепили к прозвищам по профессии.

Интересная деталь: фамилия Баковецкий могла возникнуть и как искусственная — в семинарской среде. Священникам при поступлении в училище нередко меняли бытовые фамилии на «благородные» с -цкий, привязывая их к названиям сёл или церковных приходов. В таком случае носитель мог получить фамилию по месту службы отца или по имени храма.

Встречаемость фамилии сегодня невысокая, сосредоточена в западных областях Украины и в белорусском Полесье. В России она редка, что подтверждает её западнорусские корни. Вариант написания через «о» (Боковецкий) фиксируется редко и, скорее всего, результат акающего произношения.