Фамилия Баковец — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. В ней нет привычного русского суффикса -ов или -ин, зато есть характерный западнославянский элемент -ец. Это сразу подсказывает, что перед нами не великорусская фамилия, а украинская, белорусская или польская по корням. Суффикс -ец в таких фамилиях обычно указывал на место жительства или происхождение: например, «житель такого-то села» или «выходец оттуда-то».

Основа «Бак-» многозначна. Самая прямая версия: от прозвища или имени Ба́ко, Ба́ка. В украинских и польских говорах «бака» — это просторечное название глаза или большого глазастого человека. Сравните с польским «bakać» (смотреть, глазеть). Тогда Баковец — «тот, кто происходит от Баки», то есть сын или потомок человека с прозвищем Глазастый. Версия правдоподобная, потому что прозвища по внешности давали очень часто.

Вторая версия — топонимическая. В Польше есть несколько населённых пунктов с корнем «Бак-»: например, село Бакув (Baków) или Баковец (Bakowiec) в Подкарпатском воеводстве. Фамилия могла закрепиться за человеком, который переехал из такого места. В этом случае она отвечала на вопрос «откуда ты?» и работала как идентификатор пришлого.

Третья, менее вероятная версия связывает фамилию с литовским или балтским корнем «bak-» в значении «кричать, шуметь», но для русского уха это звучит натянуто, и подтверждений такой этимологии для фамилии Баковец в ономастических словарях нет.

Географически фамилия встречается в основном на западе Украины (Волынь, Ровенская область) и в юго-восточной Польше. В России она редка и, скорее всего, попала с волнами переселения из западных губерний в XIX — начале XX века. По сословной принадлежности предки Баковец, вероятнее всего, были крестьянами или мещанами — фамилии на -ец в этой среде типичны, в отличие от дворянских фамилий на -ский.