Фамилия Бакстова образована от мужской формы Бакстов, и её разбор стоит начать с необычного корня. Основа «бакст» в русской ономастике встречается редко, и это сразу отсекает ходовые версии о происхождении от имени или профессии. Скорее всего, в основе лежит прозвище, связанное с диалектным словом. В северных и сибирских говорах «бакста» или «бакстеря» — нерасторопный, мешковатый человек, увалень. Такое прозвище могли дать медлительному или неуклюжему крестьянину, и оно закрепилось за его потомками.

Суффикс -ов в фамилии Бакстов указывает на стандартную модель русских фамилий XIX века: от прозвища или имени через притяжательное прилагательное («чей?» — Бакстов, то есть сын или потомок Бакста). Женская форма Бакстова — естественное грамматическое изменение при замужестве или наследовании от отца.

Географически фамилия привязана к северу России, особенно к Архангельской и Вологодской областям, где диалектная лексика с корнем «бакс-» сохранялась дольше. В центральных и южных регионах она почти не встречается, что подтверждает её локальное происхождение. Встречается также вариант написания с одной «с» — Бактова, но он ещё реже и может быть результатом ошибки в документах.

Никакой связи с фамилией известного художника Льва Бакста здесь нет: его настоящая фамилия Розенберг, а псевдоним он взял от фамилии бабушки (Бакстер, англоязычного происхождения). Русская Бакстова — явление совершенно другого ряда, крестьянское и диалектное.