Фамилия Бакубатова — женская форма фамилии Бакубатов, и её разбор стоит начать с мужского варианта. В основе лежит имя или прозвище Бакубат. Слово состоит из двух частей: «бак» и «убат». Первая часть может восходить к тюркскому «бак» — «смотри», «гляди» (повелительное наклонение от глагола bakmak). Вторая часть, «убат», скорее всего, связана с тюркским же словом «убат» или «убад» — «беда», «несчастье», «горе». Таким образом, Бакубат — это сложное прозвище, которое можно перевести как «смотри, беда» или «берегись горя». Такие имена-предостережения были распространены у тюркских народов: давая ребёнку имя с негативным значением, родители надеялись обмануть злых духов и уберечь его от несчастий.

Суффикс «-ов» в фамилии Бакубатов — типичный русский патронимический формант, указывающий на принадлежность: «сын Бакубата». Фамилия образована по продуктивной модели, когда к основе прозвища добавлялся суффикс, и в итоге она закрепилась в русской среде как фамилия, указывающая на потомка человека с прозвищем Бакубат.

Географически фамилия Бакубатова встречается редко, что указывает на её локальное происхождение. Скорее всего, она возникла в регионах, где тюркские языки контактировали с русским: в Поволжье, на Урале, в Сибири или в южных степях. Носители фамилии могли быть потомками татар, башкир, казахов или других тюркоязычных народов, перешедших в православие и получивших русскую фамилию по отцу.

По сословной принадлежности предки Бакубатовых, вероятнее всего, были крестьянами или казаками. В дворянских родословных книгах фамилия не зафиксирована, а её редкий характер и тюркская основа указывают на простонародное происхождение. Точных данных о дате возникновения фамилии нет, но по модели образования она относится к поздним, XVII–XIX векам, когда активно шёл процесс закрепления прозвищ в качестве наследственных фамилий.

Сравнение с однокоренными фамилиями вроде Бакунов, Бакулин, Бакуткин показывает, что основа «бак-» в русских фамилиях часто связана с именем Бакуня (уменьшительное от Бак — краткая форма имени Баклан или от тюркского bak). Но в случае с Бакубатовой именно вторая часть корня «-убат» делает фамилию уникальной и не позволяющей спутать её с другими.