Фамилия Бакуев чаще всего встречается на Кавказе, в первую очередь в Дагестане, и её происхождение связано с личным именем, а не с названием города. Основная версия — от лезгинского мужского имени Баку, которое означает «рожденный, родился». Такое имя в традиционной культуре могли дать долгожданному первенцу или первому мальчику в семье, подчеркивая сам факт его появления.

Параллельно существует гипотеза, что имя Баку — это фонетический вариант арабского имени Баки («вечный», «крепкий»). В этом случае имя несли пожелание здоровья и долгой жизни. Обе версии укладываются в распространённую модель, когда фамилия образуется от мужского личного имени с помощью типичного для русского языка суффикса принадлежности -ев (Баку + -ев = «сын Баку»).

Менее вероятно, что в основе фамилии лежит прозвище выходца из города Баку. Название столицы Азербайджана действительно имеет долгую историю: в арабских источниках с IX века встречаются формы Баку, Бакух, Бакуйа, Бакуйе, позже в европейских — Бага, Баки, Бакхи, а в русских — Бака. Самая популярная этимология возводит название к персидскому bād kubeh — «Бадкубе» («удар ветра»), отсюда прозвище «Баку — город ветров». Однако специалисты по ономастике отмечают, что эта персидская форма засвидетельствована только с XVII века, то есть она довольно поздняя, и связывать с ней древнюю фамилию рискованно.

Разные ветви рода фиксируются в документах второй половины XIX века. В Книге памяти Свердловской области записан Бакуев Григорий Ефимович, родившийся в 1880 году на Бисертском заводе (Нижнесергинский район). А в сведениях, предоставленных Правительством Республики Дагестан, указан Бакуев Аюб Гаджи, родившийся в 1881 году в селе Кудияб Россо Ахвахского района. Эта география — Урал и горный Дагестан — подтверждает, что фамилия не привязана к одному региону, но её кавказские корни прослеживаются чётче, чем уральские.