Фамилия Бабуев образована по самой распространённой в русском языке модели — с помощью суффикса -ев, который присоединяли к основам, оканчивающимся на мягкий согласный или -й. В данном случае основа — Бабуй. Это имя или прозвище, и его происхождение ведёт к двум основным версиям.

Первая и наиболее вероятная: Бабуй — производная форма от крестильного имени Вавила. В русской народной традиции имя Вавила (от греческого названия города Вавилон) сокращали и переделывали: в быту звучало как Бав, Бава, а с уменьшительным суффиксом -уй — Бавуй, позже упрощённо — Бабуй. Такой способ словообразования типичен для некалендарных и разговорных форм: от Вавила получился Бавуй, а от него — фамилия Бавуев, которая со временем через оглушение или под влиянием произношения закрепилась как Бабуев.

Вторая версия связывает основу с прозвищем Бабуй. В южнорусских и украинских говорах словом «бабуй» могли называть женоподобного мужчину, подкаблучника или просто того, кто много времени проводит с женщинами (от «баба»). Однако такое прозвище было бы скорее редким и уничижительным, поэтому версия с церковным именем выглядит убедительнее.

Географически фамилия Бабуев встречается в основном на юге России, особенно в Ростовской области и Краснодарском крае, а также в среде донских и кубанских казаков. Это косвенно подтверждает, что носители фамилии могли быть потомками крестьян или казаков, получивших фамилию по отцу — Бабую. Никаких сведений о дворянском происхождении или массовом расселении за Уралом у фамилии нет.

Таким образом, фамилия Бабуев — типичный пример того, как церковное имя Вавила через ряд народных преобразований превратилось в прозвище, а затем закрепилось в документах как наследственное родовое имя. Её носители — потомки человека, которого в быту звали Бабуй.