Фамилия Бабуева — женская форма фамилии Бабуев, и её происхождение почти наверняка уходит корнями в тюркские языки. Основа «бабу» или «баба» в тюркском наречии означает «отец», «дед», а в переносном смысле — «уважаемый старейшина», «предок». Фамилия образована по русской модели с патронимическим суффиксом -ев, который указывает на принадлежность: Бабуев — буквально «сын Бабуя» или «потомок Бабуя». Само имя или прозвище Бабуй (а в основе, скорее всего, лежит имя Бабу) было широко распространено среди народов Поволжья и Кавказа, особенно у татар, башкир, кумыков и ногайцев.

Важно понимать, что в русской ономастике фамилии с таким корнем часто путают с диалектным словом «бабуй» — так в некоторых говорах называли болтуна или пустомелю. Однако для фамилии Бабуева эта версия маловероятна. География бытования фамилии указывает на регионы с сильным тюркским влиянием: Дагестан, Чечня, Татарстан, а также Оренбургская и Астраханская области. Если предки носили эту фамилию, они с высокой долей вероятности были мусульманами или крещёными татарами, а само имя Бабу могло быть уважительным прозвищем старейшины рода.

Есть и вторая, более редкая, версия: фамилия могла возникнуть от калмыцкого имени Бабу (в значении «маленький», «младший»). В этом случае суффикс -ев — чисто русский, добавленный при оформлении фамилии по документам. Спор между этими гипотезами решается просто: если фамилия встречается в среде калмыков или бурят, корень — «младший»; если среди тюркских народов — «отец/дед». Для большинства носителей фамилии Бабуева первая версия остаётся основной.

Фамилия недворянская, нестарая — в массе своей такие фамилии оформились у тюркских народов в XIX веке, после введения всеобщей воинской повинности и переписей населения. Тогда и закрепилась форма Бабуев/Бабуева, заменившая родовое имя. Сейчас фамилия редкая, но устойчивая — её носители живут в основном на Северном Кавказе и в Западной Сибири.