Фамилия Бабуин — редкий случай, когда основа напоминает название животного, но связь с обезьяной, скорее всего, вторична или случайна. В русской ономастике не зафиксировано случаев, чтобы человека в крестьянской или городской среде прозвали «бабуином» — это книжное слово, вошедшее в широкий обиход только в XIX веке через научную литературу. Поэтому основная версия происхождения лежит в диалектной лексике.

В южнорусских и украинских говорах слово «бабу́н» или «бабу́й» означало неопрятного, ворчливого старика, а также иногда — знахаря или колдуна, который «бабрит» (шепчет, ворожит). Форма «Бабуин» могла возникнуть как вариант фамилии Бабунов или Бабуев, где конечное «-ин» — это притяжательный суффикс, отвечающий на вопрос «чей?»: сын Бабуя. То есть предок носителя фамилии, вероятно, получил прозвище Бабуй (или Бабун) за характер или род занятий.

Менее вероятная, но допустимая версия — искусственное происхождение. В конце XIX — начале XX века, при выдаче паспортов и переписях, писарь мог записать услышанную фамилию «Бабурин» или «Бабулин» на слух как «Бабуин», особенно если носитель говорил с акающим произношением. Или же это калька с польского babuin (старый хрыч, брюзга), что указывает на западнославянское влияние в пограничных регионах.

Географически фамилия встречается крайне редко, в основном на юге России и в восточной Украине. В дореволюционных справочниках она не фиксируется, что говорит о её позднем оформлении или малочисленности рода. Связь с животным, хоть и лежит на поверхности, — ложный след: этимология прозвища глубже и грубее, она связана с человеческими качествами, а не с зоологией.