Фамилия Бабухин — редкий случай, когда прозвище могло закрепиться за человеком и его потомками, минуя уменьшительную форму имени. Вопреки интуитивному ожиданию, корень здесь не «баба» в значении «женщина» или «бабушка», а совсем другая лексическая группа.

Основа фамилии — слово «бабуха». В русских говорах так называли не только старуху, но и рыбу: крупную камбалу или даже щуку. В словаре Даля зафиксировано, что «бабуха» — это также вид гриба (дождевик) или нарост на дереве. Но самая вероятная версия связана с ремеслом: бабухой в некоторых регионах именовали повитуху, бабку-повитуху. Тогда Бабухин — сын или потомок женщины, принимавшей роды. Фамилия образована по продуктивной модели с суффиксом -ин, который указывает на принадлежность: «чей?» — Бабухин, то есть «сын Бабухи».

Суффикс -ин типичен для фамилий, образованных от существительных женского рода на -а. Мужская параллель — Бабухин от прозвища Бабуха (мужчина, которого за что-то прозвали «бабухой») — тоже возможна, но в крестьянской среде прозвища чаще давались по занятию или характерной черте, а повитуха — конкретное и уважаемое ремесло.

Географически фамилия встречается нечасто, но прослеживается в центральных и северных губерниях России, где слово «бабуха» бытовало в говорах. В отличие от более распространённых Бабкиных или Бабуриных, Бабухин сохраняет редкий корень, не перешедший в разряд имён. Известный носитель — физиолог Александр Бабухин (XIX век), но его фамилия — не повод для мифа о дворянском происхождении: скорее всего, предки учёного были из духовного или мещанского сословия, где фамилии часто образовывались от прозвищ, а не от имён святых.

Таким образом, Бабухин — фамилия, которая почти наверняка указывает на то, что предок был либо связан с родовспоможением, либо получил прозвище по внешнему сходству с рыбой или грибом. Первая версия исторически весомее.