Фамилия Бабушева — довольно редкая и неоднозначная с точки зрения происхождения. Её основа «бабуш» заставляет задуматься: это искажённое «бабушка», прозвище или диалектное слово? Чтобы разобраться, нужно посмотреть на суффикс и модель образования.

Фамилия образована с помощью патронимического суффикса -ев, который указывает на принадлежность: «сын Бабуша» или «из рода Бабушевых». Основа «Бабуш» — это, скорее всего, не уменьшительное от «баба» (женщина), а прозвище или неканоническое мужское имя. В русских говорах слово «бабуш» могло означать «старый, мудрый мужчина», «дед» или даже «колдун», «знахарь» (от «бабка-знахарка»). В некоторых регионах так называли человека, который много времени проводил с бабушками, либо того, кто занимался женскими ремёслами (например, прядением). Поэтому первый носитель фамилии мог быть либо уважаемым стариком, либо человеком с необычным поведением.

Вторая версия — прозвище от глагола «бабушить» (болтать, пустословить) или от названия птицы «бабуша» (так в некоторых областях называют самку воробья или синицу). Однако это менее вероятно, так как такие прозвища обычно давали насмешливо, а фамилия сохранилась в основном в южных регионах России (Волгоградская, Ростовская области) и на Украине, где слово «бабуш» чаще ассоциировалось именно с пожилым человеком.

В отличие от фамилий на -ин (Бабушкин), которые прямо указывают на родство с женщиной («сын бабушки»), суффикс -ев в Бабушевой подчёркивает мужскую основу. Это не фамилия «от бабушки», а фамилия от мужского прозвища Бабуш. Сословно она могла принадлежать крестьянам или казакам — в документах XIX века такие фамилии встречаются в ревизских сказках именно у сельского населения. Дворянских родов с этой фамилией не зафиксировано, что подтверждает её народное, прозвищное происхождение.