Фамилия Бабушкина образована по одной из самых распространённых в русском языке моделей: от прозвища или нецерковного имени через притяжательный суффикс -ин. Исходное слово — «бабушка». В древнерусском быту так называли не только родную бабку по крови, но и любую пожилую женщину, а иногда — повитуху или знахарку. Поэтому прозвище Бабушка мог получить не обязательно старый человек, а, например, внук, которого воспитывала бабушка, или тот, кого она особенно опекала. В документах XV–XVII веков встречаются крестьяне и посадские люди с прозвищем Бабка, Бабушка — это была живая, обиходная форма именования, а не ласкательное обращение в современном смысле.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Бабушкин сын, то есть «сын Бабушки». Со временем такое именование закрепилось за целым родом и стало наследственной фамилией. Если бы основа оканчивалась на согласный, появился бы суффикс -ов, но здесь сработала грамматическая логика: слова женского рода на -а дают притяжательную форму на -ин. Это типично для русских фамилий, образованных от прозвищ, называющих человека по родству, возрасту или социальной роли.

Географически фамилия Бабушкина встречается повсеместно, но чаще — в северных и центральных регионах России, где были сильны традиции больших семей и роль старшего поколения в воспитании внуков. Встречаются и однокоренные фамилии: Бабкин, Бабурин, Бабенко — но у каждой своя словообразовательная история. Бабушкин и Бабушкина — одна из немногих фамилий, где прямо сохранилось уменьшительно-ласкательное слово, а не его основа.

О сословной принадлежности носителей фамилии в прошлом сказать определённо трудно: прозвище Бабушка не было аристократическим, его давали в крестьянской и мещанской среде. В дворянских родословных эта фамилия не фиксируется. Таким образом, потомок человека по прозвищу Бабушка, скорее всего, был простолюдином, а сама фамилия несёт отпечаток деревенского уклада, где старшее поколение играло ключевую роль в доме.