Фамилия Бабушкин образована по редкой для русских фамилий модели — от женского прозвища. В основе лежит слово «бабушка», которое в старину было не столько родственным термином, сколько ласковым обращением к любой пожилой женщине. Такую фамилию мог получить человек, которого воспитывала бабушка, её любимец или тот, кто часто находился при ней. Бытовала даже поговорка: «Была б моя бабуся, никого не боюся; бабушка щипок, кулак молоток» — то есть заступалась и защищала.

Фамилии от женских имён и прозвищ встречаются реже, чем от отцовских, потому что род обычно вели по мужской линии. Но именно эта редкость и делает фамилию Бабушкин примечательной: она прямо указывает на то, что в основе родословной — женщина, а не мужчина-родоначальник.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Бабушкин значит «сын (или потомок) Бабушки». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от основ на -а/-я.

Есть и альтернативная, но маловероятная версия: от слова «бабуши» — турецкие туфли без задников. Якобы предок носил такую обувь и получил прозвище. Однако эта гипотеза слабая: в русской ономастике случаи, когда прозвище от предмета обуви становилось фамилией, единичны, а связь с «бабушкой» гораздо естественнее и подтверждается историческими записями.

В «Ономастиконе» С. Б. Веселовского упоминается Тит Романович Бабушкин, 1592 год, Арзамас. Это одно из ранних документальных свидетельств фамилии, и оно показывает, что уже в конце XVI века фамилия бытовала в центральных русских землях. Арзамас в то время был важным торговым и военным центром, так что род Бабушкиных мог принадлежать к служилым или посадским людям.