Фамилия Бабушина — женская форма от Бабушин, и её основа проста и прозрачна, хотя и неочевидна на первый взгляд. В отличие от большинства фамилий на -ин, образованных от имён или прозвищ, оканчивающихся на -а/-я (Иван — Иванов, но Борода — Бородин), здесь суффикс -ин присоединён к основе, которая сама уже содержит суффикс -уш-. Это типичная модель «прозвище + уменьшительный суффикс»: Бабуша.

Корень здесь — «баб-», от слова «баба». В древнерусском языке «баба» имела широкий спектр значений: не только мать отца или матери, но и вообще замужняя женщина, а также знахарка, ворожея, а в некоторых говорах — даже название птицы (пеликан). Прозвище Бабуша могли дать человеку по нескольким причинам. Самое вероятное — по внешнему сходству или поведению: так могли прозвать излишне заботливого, суетливого мужчину, «бабника» в бытовом смысле (любителя женского общества), либо, наоборот, мальчика, который рос при бабушке и перенял её манеры. В северных и сибирских говорах «бабуша» — это ещё и вид женского головного убора или платка, так что прозвище могло закрепиться за тем, кто носил такую одежду или торговал ею.

Фамилия Бабушин (и, соответственно, Бабушина) — не самая частая, но и не редкая. Она встречается в центральных областях России, в Поволжье и на Урале. Интересно, что в польской и украинской ономастике есть фамилия Бабуша (Babuszа) — там она могла образоваться от диалектного «бабуша» в значении «бабушка» или от глагола «бабушити» (нянчить, качать на руках), что подтверждает общеславянскую природу корня.

Двойственность толкования — главная особенность этой фамилии. Одно дело, если предка звали Бабушей в насмешку за «бабью» суетливость, и совсем другое — если он был уважаемым знахарем (бабкой-лекаркой) или человеком, который носил прозвище по роду занятий, связанному с женскими ремёслами. Второй вариант, основанный на профессиональном или обрядовом значении слова «баба», выглядит для фамилии Бабушина более весомым, чем бытовое подшучивание.